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PopLDdecay是一款用于进行种群遗传学和关联分析的软件。它可以在全基因组水平上进行基因型数据的相关性和衰减分析#xff0c;帮助研究人员探索种群间的遗传差异和突变选择的模式。
使用PopLDdecay可以实现以下功能#xff1a;
遗传距离的计算#xff1a;可以计算遗…前记
PopLDdecay是一款用于进行种群遗传学和关联分析的软件。它可以在全基因组水平上进行基因型数据的相关性和衰减分析帮助研究人员探索种群间的遗传差异和突变选择的模式。
使用PopLDdecay可以实现以下功能
遗传距离的计算可以计算遗传距离包括最小二乘法估计和Cockerham和Weir的方法。关联分析可以计算遗传连锁块、相关关系、平衡和不平衡的情况。衰减分析可以计算将遗传相关性与遗传距离之间的关系进行衰减分析。
PopLDdecay支持多种数据格式的输入包括VCF、HapMap、PLINK和BEAGLE等格式。它还提供了直观的可视化功能可以生成遗传距离和衰减图帮助用户更好地理解和解释结果。
此外PopLDdecay还具有高效的计算能力和并行处理功能可以加快分析速度提高效率。
总之PopLDdecay是一款功能强大且易于使用的软件适用于基因型数据的遗传相关性和衰减分析在种群遗传学和关联研究中具有重要的应用价值。
一、软件的安装与配置 PopLDdecay官网地址如下GitHub - BGI-shenzhen/PopLDdecay: PopLDdecay: a fast and effective tool for linkage disequilibrium decay analysis based on variant call format(VCF) fileshttps://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay 软件的安装和配置代码如下
#安装
git clone https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
cd PopLDdecay
chmod 755 configure
./configure
make
mv PopLDdecay ./bin/#环境变量配置
vim ~/.bashrc
export PATH/public/home/gguo/biosoft/PopLDdecay/bin:$PATH
source ~/.bashrc
二、LD衰减距离的计算
使用VCF文件进行LD计算代码如下
#计算LD
cd /public/home/
PopLDdecay -InVCF sample.vcf -OutStat LDdecay#绘制LD衰减图
perl Plot_OnePop.pl -inFile LDdecay.stat.gz -output Fig 第一行代码运行后会产生LDdecay.stat.gz文件即为LD计算结果。
使用第二行代码进行衰减图的绘制会产生PDF和PNG两种格式文件。 三、R可视化LD衰减图 主要使用ggplot2包代码如下
######### 绘制LD衰减距离图 ###########
rm(list ls()) # 清除工作环境中的变量
setwd(D:/Working-Folder/GWAS data/)
library(ggplot2)ld_data - read.table(LDdecay.txt, header TRUE, sep \t)
Distance - ld_data$Distance..Kb.
r2 - ld_data$r.2# 检查数据
head(distance)
head(average_r2)# 创建LD衰减图
ld_plot - ggplot(data ld_data, aes(x Distance, y r2, color Distance)) geom_line(size 0.5) # 增加线条粗细scale_color_gradient(low blue, high red) # 渐变色theme_minimal() theme(legend.position right, # 将图例放在图的右侧plot.title element_text(face bold, size 14, hjust 0.5),axis.title.x element_text(size 12),axis.title.y element_text(size 12),axis.text.x element_text(size 10),axis.text.y element_text(size 10),plot.margin margin(5.5, 14, 5.5, 14))# 增加图形边距ld_plot - ld_plot geom_point(size 1.5, shape 19, stroke 0.5, fill white) # 改变点的形状、大小和颜色ld_plot - ld_plot scale_x_continuous(breaks seq(0, max(distance), by 50), labels seq(0, max(distance), by 50)) # 调整x轴刻度# 显示图形
print(ld_plot)#保存
ggsave(LD_decay_plot.png, ld_plot, width 12, height 6, dpi 300)参考文献
Zhang C, Dong SS, Xu JY, He WM, Yang TL. PopLDdecay: a fast and effective tool for linkage disequilibrium decay analysis based on variant call format files. Bioinformatics. 2019 May 15;35(10):1786-1788. doi: 10.1093/bioinformatics/bty875. PMID: 30321304.
后记 以上是PopLDdecay的简单使用方法简单记录一下。
2024.3.29
----CXGG
千里之行始于足下。
