套做网站,淘宝客手机网站怎么做,深圳 建设银行国际互联网站,东莞商贸公司寮步网站建设价格UMLS数据申请
这个直接在官网上申请即可#xff0c;记得把地址填全#xff0c;基本都会拿到lisence。
UMLS数据访问
UMLS的数据访问分为网页访问#xff0c;API访问以及数据下载后的本地访问#xff0c;网页访问#xff0c;API访问按照官网的指示即可#xff0c;这里主… UMLS数据申请
这个直接在官网上申请即可记得把地址填全基本都会拿到lisence。
UMLS数据访问
UMLS的数据访问分为网页访问API访问以及数据下载后的本地访问网页访问API访问按照官网的指示即可这里主要讲一下本地访问的注意事项。
UMLS 本地访问
本地访问是指可以下载数据文件并在本地数据库例如mysql里查看及处理。UMLS提供的可下载数据文件主要分为三类第一类是UMLS Metathesaurus Precomputed Subsets 只有元数据库的数据第二类是Full UMLS Release Files包含了元数据库语义网络以及专业术语第三类是Metathesaurus History Files主要是历史的元数据。
UMLS Metathesaurus Precomputed Subsets数据导入
step1: 找到安装文件。在.\umls-2024AB-metathesaurus-full\2024AB\META 路径下找到populate_mysql_db.bat(根据数据库和系统型号选择合适的安装文件即可。e.g. 对于mysqlWindows安装选populate_mysql_db.bat, linux 安装选populate_mysql_db.sh)step2修改自定义内容。使用windows自带的Nodepad打开populate_mysql_db.bat将如下信息配置成自己的个性化信息。 set MYSQL_HOMEpath to MYSQL_HOME
set userusername
set passwordpassword
set db_namedb_namestep3安装看log解决其他报错。
Full UMLS Release Files数据导入
这个比上个部分metathesaurus precomputed subsets部分的步骤多了一步将mmsys解压并自定义subset的过程后续向mysql的导入操作与上个部分一致
mmsys解压并自定义subsetUMLS - MetamorphoSys Help
mysql安装教程可参考reference2
可能出现的bug
1. 要注意一下metathesaurus precomputed subsets这个版本的mysql_tables.sql会报MySQL ERROR 1064 (42000)的错误需要修改一下load data的语句。
原始sql
load data local infile MRCONSO.RRF
into table MRCONSO
fields terminated by |
ESCAPED BY
lines terminated by LINE_TERMINATION
修改建议
将 LINE_TERMINATION 替换为有效字符串
\n (Unix/Linux)\r\n (Windows)
2. 如果提前已经在环境变量中配置好mysql的路径则populate_mysql_db.bat需要修改一下。将命令行语句的%MYSQL_HOME%\bin\mysql直接修改为mysql即可。 REFERENCE
UMLS - Load Scripts
Windows 安装并配置 MySQL 5.6_mysql 5.6 安装-CSDN博客
