深圳公司网站制作企业,抖音代运营的好处,企业内部门户网站建设方案,唐山网站建设服务下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/使用方法:【从hg38转到hg19】因为主流的基因组版本还是hg19#xff0c;但是时代在进步#xff0c;已经有很多信息都是以hg38的形式公布出来的了。比如#xff0c;我下载了pfam.df这个protein domain注释文件#xff0c;…下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/使用方法:【从hg38转到hg19】因为主流的基因组版本还是hg19但是时代在进步已经有很多信息都是以hg38的形式公布出来的了。比如我下载了pfam.df这个protein domain注释文件对人的hg38基因组每个坐标都做了domain注释数据形式如下查看文件内容head pfam.hg38.df 如下PFAMID chr start end strandHelicase_C_2 chr1 12190 12689 7tm_4 chr1 69157 69220 7TM_GPCR_Srsx chr1 69184 69817 7tm_1 chr1 69190 69931 7tm_4 chr1 69490 69910 7tm_1 chr1 450816 451557 -7tm_4 chr1 450837 451263 -EPV_E5 chr1 450924 450936 -7TM_GPCR_Srsx chr1 450927 451572 -我想把domain的起始终止坐标转换成hg19的就必须要借助UCSC的liftover这个工具啦而且它只能对bed等符合要求的格式进行转换示例如下chr7 127471196 127472363 Pos1 0 127471196 127472363 255,0,0chr7 127472363 127473530 Pos2 0 127472363 127473530 255,0,0很简单的把自己的文件随便凑几列信息做成这个9列的格式即可cat pfam.hg38.df |sed s/\r//g |awk {print $2,$3,$4,$1,0,$5,$3,$4,255,0,0} pfam.hg38.bed这样就有了足够的文件可以进行坐标转换啦转换的命令非常简单chmod 777 liftOver./liftOver pfam.hg38.bed hg38ToHg19.over.chain pfam.hg19.bed unmap然后运行成功了会有 提示报错一般是你的格式不符合标准bed格式自己删掉注释行等等不符合的信息即可Reading liftover chainsMapping coordinates转换后稍微检查一下就可以看到坐标的确发生了变化当然我们只需要看前面几列信息即可grep -w p53 *bedpfam.hg19.bed:chr11 44956439 44959858 p53-inducible11 0 - 44956439 44959858 255,0,0pfam.hg19.bed:chr11 44956439 44959767 p53-inducible11 0 - 44956439 44959767 255,0,0pfam.hg19.bed:chr2 669635 675557 p53-inducible11 0 - 669635 675557 255,0,0pfam.hg19.bed:chr22 35660826 35660982 p53-inducible11 0 35660826 35660982 255,0,0仔细看看坐标是不是变化啦pfam.hg38.bed:chr11 44934888 44938307 p53-inducible11 0 - 44934888 44938307 255,0,0pfam.hg38.bed:chr11 44934888 44938216 p53-inducible11 0 - 44934888 44938216 255,0,0pfam.hg38.bed:chr2 669635 675557 p53-inducible11 0 - 669635 675557 255,0,0pfam.hg38.bed:chr22 35264833 35264989 p53-inducible11 0 35264833 35264989 255,0,0这个可以直接接着下载pfam.df数据库来做下去。更方便一点。我的数据如下需要自己创建成一个GRanges对象library(GenomicRanges)pfam.hg38 rangesIRanges(a[,3], a[,4]),stranda[,5])这样就OK拉虽然这只是一个很简陋的GRanges对象但是这个GRanges对象可以通过R的liftover方法来转换坐标啦。library(rtracklayer)ch import.chain(hg38ToHg19.over.chain)pfam.hg19 liftOver(pfam.hg38, ch)pfam.hg19 unlist(pfam.hg19)再把这个转换好的pfam.hg19 写出即可
