智能家居网站建设可行性分析报告,公司集团网站设计,网站软件大全免费下,四川省建设领域信用系统网站bash命令——linux command 1. Linux下的命令结构2. 重点命令学习2.1 基础命令2.2 文件操作2.3 文件权限2.4 目录操作2.5 环境变量2.6 进程信息2.7 grep命令2.8 awk命令2.9 cut命令2.10 bc命令2.11 sort命令 3. 其他知识点3.1 批量执行某条命令3.2 windows下载数据3.3 创建shel… bash命令——linux command 1. Linux下的命令结构2. 重点命令学习2.1 基础命令2.2 文件操作2.3 文件权限2.4 目录操作2.5 环境变量2.6 进程信息2.7 grep命令2.8 awk命令2.9 cut命令2.10 bc命令2.11 sort命令 3. 其他知识点3.1 批量执行某条命令3.2 windows下载数据3.3 创建shell脚本并执行3.4 积累的常用的shell命令 1. Linux下的命令结构
command [option] argument1,argument1 comman命令如ls,df,vim等 [option]选项如-a,-l,-h等 arguments参数可以是一个或多个
2. 重点命令学习
2.1 基础命令
查看所有用户more /etc/passwd su root或者su - 进入root用户输出入密码。此时提示符为#表示超级用户。 su zhaohuiyao 从root进入一般用户不需要密码此时提示符为$表示一般用户。用户设计分组权限等问题。 查看内存使用情况df -h 关机shutdown -h now 重启 shutdown -r now logout 注销/退出 clear 清楚当前屏幕内容
2.2 文件操作
**Linux下所有的内容都可以称为文件包括目录普通文件链接等。**这里强调普通文件的操作 less查看文件可以通过上下键进行翻页用Q退出。有些人会对less进行alias处理——le命令 cat、more也可以查看文件。但是cat是全部显示。 vim、vi、geditnano进行文件编辑。vim进入一般模式后输入:set num可显示行数。vim进入一般模式命令行模式 点击a进入插入模式点击Esc退出插入模式输入:x保存修改并退出:q不保存直接退出:q!保存修改并强制退出 touch [文件名] 创建空白文件 touch test1 创建一个名为test1的文件 touch test{1…3} 批量创建test1,test2,test3文件 gunzip 解压缩不含参则会覆盖掉原文件 gunzip -c prefix.fa.gz prefix.fa 保留原文件 zcat命令 在不解压缩情况下显示压缩文件的内容 zcat prefix.fa.gz | grep “” 输出“行 grep “” prefix.fa 输出”行 tar -cvf ./prefix.tar /home/data/ 打包/home/data/目录下的全部文件并保存在当前目录下的prefix.tar中 tar -zxvf ./prefix.tar 解压文件 tar -zxvf ./prefix.tar -C …/ #解压当前目录下的prefix.tar文件到指定目录…/下 rm 删除文件或目录 rm [文件名] 删除一个文件且会询问你是否删除 rm -r 删除一个目录且会依次询问你是否删除目录里的项目 rm -i 询问你是否确定删除文件 rm -f 在不提示的情况下删除 cp [需要拷贝的文件或目录的绝对路径] [拷贝到的位置] cp -r 拷贝目录 软链接/符号链接ln -s [文件/目录] [链接名]。对软链接进行操作即对原文件进行修改。 scp 用于两个服务器之间文件传输 scp zhaohuiyao11.11.1.1:/home/zhaohuiyao/.bashrc ./ #从服务器IP为11.11.1.1账户为zhaohuiyao文件为/home/zhaohuiyao/.bashrc传输到当前服务器的当前目录下。需要知道密码 scp -rL zhaohuiyao11.11.1.1:/home/zhaohuiyao/ ./ #传输目录 split 切割文件 split -l 100 name.txt split #将文件name.txt按照每100行一个文件进行分割。结果文件前缀为splitaa、splitab依次类推
2.3 文件权限
查看权限 ll [目录或文件名] lrwxrwxrwx :文件属性共10个字符第1个单独后面9个三个一组。r——读取/查看w——写入/修改x——执行 第1个字符l——链接d——目录-——文件c——字符设备文件b——块设备文件 后面9个字符称为文件模式且每3个字符表示一种用户权限。依次是文件所有者权限用户组权限其他用户权限。这9个字符对应一个八进制数字这对后面的修改权限操作很重要 文件模式八进制0—1–x2-w-:3-wx4r–5:r-x6:rw-7rwx。最高权限777 修改权限 chmod [权限数值] [文件] 常使用的权限数值有777,755,700,660等 修改权限也可以通过符号的形式进行一般不常用 u——文件所有者g——文件所有者所在组o——其他用户a——所有用户 ——添加某种权限-——删除某种权限——表示该用户只能有什么权限 三种权限r,w,x。chmod a-x xxx.txt 表示删除所有用户对该文件的执行权限。 当出现错误Permission denied表示当前用户没有查看/修改/执行该文件或目录的权限。需获得权限。
2.4 目录操作
pwd 显示当前工作目录的完整路径 ./当前目录 …/父目录上级目录 cd 进入当前用户的主目录 ls 当前工作目录下的文件和目录 ls -a 当前工作目录下的文件和目录包括以.开头的文件与目录 ls -l (ll)当前工作目录下的文件和目录的详细 ls -d [目录名] 查看指定目录下的详细信息 ls -t 按修改时间排序 du -sh * 查看当前目录下的所有目录和文件大小情况
2.5 环境变量
简单理解在Liunx下我们要使用某个命令如ls。按照运行规则我们需要提供该命令的绝对路径即/usr/bin/ls但为什么我们不需要这是因为在安装Liunx时已经将/usr/bin设置为环境变量。 这样当我们在命令行输出ls操作系统会对PATH存储的目录进行查找若找到/usr/bin就暂停并运行若查不到就报错。
PATH是存放有(可执行)命令和程序的目录集合在操作系统接到用户输入的命令时会对PATH存储的目录进行查找看下是否有与用户输入的命令同名的文件存在而且是从前到后一个个查找而且是查到就停最后查不到就报错。 echo $PATH 查看当前环境下PATH所有信息
设置环境变量两种情况。写入.bashrc文件则一致保存如果直接在命令行执行export命令则仅在当前终端可用关闭终端后不改变 .bashrc文件/.bash_profile文件是一个不同Linux发行版。这个文件很重要要小心修改或者备份好可能出现修改某些基础设置后无法使用当前用户。 例需要存放的路径/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc ①export PATH P A T H : / h o m e / z h a o h u i y a o / B i o s o f t / f a s t q c / . b a s h r c 。或者使用 v i m 命令进行编辑。然后使用 s o u r c e / . b a s h r c 。激活新的环境变量② e x p o r t P A T H PATH:/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc ~/.bashrc。或者使用vim命令进行编辑。然后使用source ~/.bashrc。激活新的环境变量 ②export PATH PATH:/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc /.bashrc。或者使用vim命令进行编辑。然后使用source /.bashrc。激活新的环境变量②exportPATHPATH:/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc export PATH P A T H : p w d 和 e x p o r t P A T H p w d : PATH:pwd 和 export PATHpwd: PATH:pwd和exportPATHpwd:PATH 的区别 前面提到在命令运行时会进行从前到后查到就停的操作因此理解为越靠近前面优先级越高 前者是在所有已有的PATH最后面添加新路径 后者是在所有已有的PATH最前面添加新路径
2.6 进程信息
ps 查看进程信息仅为机器状态的一个快照。ps -ef top 查看动态进程信息每3秒更新一次。 16:21:05 当前时间 up 正常运行的时间从最近一次启动开始计算在这个例子中系统已经运行了7小时14分钟 1个用户正在登陆 load average负载均值指等待运行的进程数。三个值分别对应三个时间点前1min前5min前15min该值小于1.0表示机器不忙 tasks总进程数和各进程的状态信息运行休眠暂停僵尸 %Cpu(s)CPU时间被占情况。us——用户进程sy——系统进程ni——友好进程 jobs 推到后台的命令情况 htop 查看系统使用情况
2.7 grep命令
#如果有两个不同匹配结果之间用–“间隔 grep -c -e “” ./test.fa #返回符合条件包含字符”“的行的行的总行数 grep -A 100 -e “” ./test.fa #共同返回符合条件行和该行后的100行内容 grep -B 100 -e “” ./test.fa #共同返回符合条件行和该行前的100行内容 注使用-A和-B参数返回的结果中如果有多个匹配结果会存在”–作为间隔行 grep -v -e “” ./test.fa #返回不符合条件的行反向查找 grep -E #匹配复杂正则表达式而-e参数匹配简单正则表达式
2.8 awk命令
#awk默认识别TAB键 #awk语句中的常用变量/内置变量。$0整行内容‘$1第一项$2第二项NF文件列数NR正在读的行的序号FNR当前文件读的行的序号END文件全部读取后做的最终处理BEGIN设置初始化参数 #awk语句中的函数。 length($1)计算字符串$1长度 index(“a”,$1)返回字符“a”在字符串$1中的位置索引从1开始 tolower($1)将所有字符转为小写字母 toupper($1)将所有字符转为小写字母 substr($1,3,4)返回字符串$1中第3位开始长度为4的子字符串从1开始 split($1,arr,“a”)以字符a为分割符切割字符串$1保存到数组arr中。数组arr以1为下标开始 #awk语句中经常使用if判断语句。 #awk语句中使用print和printf函数 print $1\t$2 printf “%s%03d\t%s\n”, “TF:”,23,“nd” #先设置输出格式在对其中变量进行指定。则最后输出TF:023 nd
awk ‘{print “”$1\n$2}’ ./sample.txt ./barcode.fasta #经典例子不同条件下修改即可 awk ‘{if($0~/^/){print $0} else{print “no”}}’ ./test.txt ./result.txt #判断该行是否以“开始若是则输出改行内容否则输出no” awk -v FS“\t” -v OFS“\t” ‘{print $1}’ ./test.txt ./result.txt #参数-v FS“\t”指定输入文件中每列的间隔符 #参数-v OFS“\t”指定输出文件中每列的间隔符
2.9 cut命令
#cut默认识别TAB键。按列提取文件内容 cut -f 1 ./name.txt ./col1.txt #首先将name.txt文件按TAB键分列然后提取第1列。若不存在TAB键则整行输出 cut -f 1,5,2 ./name.txt ./col1,2,5.txt #首先将name.txt文件按TAB键分列然后提取第1列、第2列和第5列。每一行顺序是1,2,5而不是1,5,2 与上面一样结果一样cut -f 5,2,1 ./name.txt ./col1,2,5.txt cut -f 1 -d ./name.txt ./col1.txt #首先将name.txt文件按空格键连续空格也是可以的分列然后提取第1列
2.10 bc命令
两种情况 ①终端直接输出bc进入计算页面交互页面使用quit退出 ②与echo和管道符一起使用 echo “6.5/2.7” | bc #输出2 echo “6.5/2.7” | bc -l #输出2.40740740740740740740 echo “scale4;6.5/2.7” | bc #输出2.4074。scale指定小数点后位数
2.11 sort命令
sort -k 3 -n -r snp.tx snp.sorted.txt #对snp.txt文件进行排序。按照第三列的值进行排序-k参数-n参数排序的值按照数值大小排序。否则按照ASCII码排序例如118。-r参数从大到小。默认为从小到大
3. 其他知识点
3.1 批量执行某条命令
cat ./SRR_Acc_List.txt | while read line; do fastq-dump -e 24 -p /data/SRX5327410_sra/$line -O /root/SRX5327410_FQ/; done
3.2 windows下载数据
#有时在linux系统下无法下载的文件。选择在windows下载后上传 进入powershellwinX) 点击Windows Powershell $client new-object System.Net.WebClient $client.DownloadFile(‘http://korflab.ucdavis.edu/Unix_and_Perl/FAlite.pm’,‘C:\Users\Administrator\Desktop\master.zip’) https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/assembly_summary_refseq.txt $client.DownloadFile(‘https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/assembly_summary_refseq.txt’,‘C:\Users\Administrator\Desktop\assembly_summary_refseq.txt’)
3.3 创建shell脚本并执行
vim test.sh
#!/bin/bash
#Author:zhaohuiyao
#Date:2021-01-18
#This script is used to exercise shell.
echo Hello World!ll test.sh -rw-r–r–. 1 root root 109 Jan 18 16:55 test.sh #此时的test.sh文件不是一个可执行的文件 #修改权限755表示所有人都可以执行700表示只有脚本所有者可以执行 chmod 755 test.sh ll test.sh -rwxr-xr-x. 1 root root 109 Jan 18 16:55 test.sh ./test.sh Hello World! #如果不修改权限。执行命令 /bin/bash ./test.sh
3.4 积累的常用的shell命令
查看linux版本cat /proc/version 查看服务器是32/64位getconf LONG_BIT查看服务器配置情况CPU情况lscpu内存情况free -gnohup /bin/bash ./hello.sh 21 。nohup将命令挂载到后台。这里会将输出追加到nohup.out文件。若是不想要nohup.out文件nohup /bin/bash ./hello.sh 1/dev/null 21 。这里1表示标准输出2表示标准错误输出。21指将标准错误追加到标准输出后面。若是出现nohup.out无法生成的现象你可以指定。nohup /bin/bash ./hello.sh 1nohup.out 21 将命令挂载到后台。常用两种方法1. nohupno hang upCMD 这种情况即使关闭当前终端该命令也会执行。2. CMD 这种情况当关闭当前终端则会终止该命令。Ctrlc表示终止当前命令Ctrlz表示暂停当前命令。jobs查看当前终端提交到后台的任务。若重新打开一个终端则不会显示。bg把任务转到后台运行disown移除任务若是你正在运行一个任务可能马上要断网了想将命令推到后台但不想先终止命令再重新推到后台那怎么办呢操作如下1.先用Ctrlz暂停当前任务2. 用jobs查看该任务的编号状态显示stopped假设编号是11113. 执行bg %1111将任务转到后台运行4.再次用jobs查看会发现状态是running而且是一个新的任务编码5. 执行disown %1111将原来的任务移除6.再次运行jobs确认。这样就算断网也没有关系了。但是日志文件会丢失对.gz/.tar/.zip等压缩文件进行wc统计。命令less xxx.tar | wc -l将终端输出结果输出到log文件中。命令ls | tee -a log.txt参数-a表示追加。若为tee log.txt表示覆盖conda环境打包为yaml文件
conda activate GenomeScope
conda env export /home/zhaohuiyao//miniconda3/yaml/GenomeScope.yaml
conda env create -f /home/zhaohuiyao//miniconda3/yaml/GenomeScope.yaml
#该yaml文件可以在snakemake文件作为conda参数的内容查看被kill掉的进程的原因 dmesg | egrep -i -B100 ‘killed process’多数是out of memorywget下载文件参数-c支持断点续传。参数-O修改下载文件名 wget -c -O newname.txt https://SSS/SSS/name.txt
