茂名公司网站开发,企业网站推广阶段,如何做网站搭建api接口,网站建设排名公司单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控
单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章：
单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门
单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增
1. 单细胞RNA-seq样本数据说明
样本数据来源文章：Acquired cancer re…单细胞RNA测序（scRNA-seq）Cellranger流程入门和数据质控
单细胞RNA测序（scRNA-seq）基础知识可查看以下文章：
单细胞RNA测序（scRNA-seq）工作流程入门
单细胞RNA测序（scRNA-seq）细胞分离与扩增
1. 单细胞RNA-seq样本数据说明
样本数据来源文章：Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of class I HLA（由I类HLA转录丢失引起的对联合免疫疗法的获得性癌症抗性）
文章链接：https://www.nature.com/articles/s41467-018-06300-3 2. 单细胞数据下载
根据上述文章可用性部分描述，文章在NCBI 的GEO数据库中编号分为为GSE117988和GSE118056。
GSE117988： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117988 GSE118056：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE118056
下载GEO数据库SRA数据参考文章：单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分
2.1 SRR_Acc_List.txt
SRR_Acc_List.txt文件内容如下：
SRR7722937
SRR7722938
SRR7722939
SRR7722940
SRR7722941
SRR7722942
SRR7692286
SRR7692287
SRR7692288
SRR76922892.2 SRA数据下载和fastq-dump拆分
此步骤时间漫长，需要长时间等待，可以后台运行。
# conda install -c bioconda sra-tools
