延安市网站建设,花生棒 wordpress,网站设计ui,网站建设实训小组总结上一篇推文中我们解释了GO富集分析及可视化#xff08;GO富集分析及可视化#xff09;#xff0c;除了GO富集分析#xff0c;我们经常在paper中看到KEGG分析#xff0c;KEGG是什么呢#xff0c;Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes#xff0c;京都基因和基因组百科…上一篇推文中我们解释了GO富集分析及可视化GO富集分析及可视化除了GO富集分析我们经常在paper中看到KEGG分析KEGG是什么呢Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因和基因组百科全书是系统分析基因功能联系基因组信息和功能信息的知识库其中包含有大量的通路图。我们今天来介绍如何绘制KEGG的barplot和dotplot。library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
geneNames - names(geneList)[1:100] ##数据来自DOSE这个包
enrich - enrichKEGG(gene geneNames,organism hsa,pvalueCutoff .1,qvalueCutoff .1)我们先来看看结果 head(enrich)ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue geneID Count
hsa04110 hsa04110 Cell cycle 8/48 124/8081 5.530092e-07 6.470207e-05 5.937572e-05 8318/991/9133/890/983/4085/7272/1111 8
hsa04218 hsa04218 Cellular senescence 7/48 156/8081 3.308115e-05 1.935248e-03 1.775936e-03 2305/4605/9133/890/983/51806/1111 7
hsa04114 hsa04114 Oocyte meiosis 6/48 129/8081 1.043242e-04 4.068644e-03 3.733708e-03 991/9133/983/4085/51806/6790 6
hsa04657 hsa04657 IL-17 signaling pathway 5/48 94/8081 2.206944e-04 5.747656e-03 5.274502e-03 4312/6280/6279/6278/3627 5
hsa04061 hsa04061 Viral protein interaction with cytokine and cytokine receptor 5/48 100/8081 2.947516e-04 5.747656e-03 5.274502e-03 3627/10563/6373/4283/6362 5
hsa04914 hsa04914 Progesterone-mediated oocyte maturation 5/48 100/8081 2.947516e-04 5.747656e-03 5.274502e-03 9133/890/983/4085/6790 5因为这个包里的数据已经是ENTREZID所以不需要对基因名称做转化如果基因名字不是ENTREZID需要添加一行转换基因名称的代码把SYMBOL id转化为entrezid代码如下gene - mapIds(org.Hs.eg.db, geneNames, ENTREZID, SYMBOL)接下来开始图形的绘制barplot(enrich,showCategory30)
dotplot(enrich,showCategory30)
