做期货主要看哪个网站,伊宁网站建设推广平台,iis7.5网站配置,wordpress 模板 安装单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了#xff0c;这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样#xff0c;一个表#xff0c;没问题#xff0c;但如果有两个表#xff0c;时间还不一样#xff0c;该信谁的呢#xff1f; 正好我们前面一篇文章介绍… 单细胞数据分析现在已经有上千个软件工具可供使用了这为用户带来便利的同时也造成了选择困难。就像时间一样一个表没问题但如果有两个表时间还不一样该信谁的呢 正好我们前面一篇文章介绍了这样一个开源数据库https://www.scrna-tools.org/里面收集了几乎所有的单细胞数据分析工具我们在这个网站上通过工具的引用数排序截取前 10 行结果得到目前引用数最多应用最广的 10 个单细胞数据分析工具 / 流程。这无疑能为我们以后的选择提供一个参考如果你感到迷茫选择引用数多的大体不会有错。 STAR STARSpliced Transcripts Alignment to a Reference是一款用于转录组数据比对的工具推出于2012年。STAR 在 RNA-seq 领域广泛应用其独特的两阶段映射策略提高了比对精度同时支持并行计算使其适用于大规模数据处理。STAR 的高效性和准确性使其成为生物信息学研究中的重要工具为基因表达和调控研究提供可靠支持。 2. Seurat Seurat 是一款强大的单细胞 RNA-seq 数据分析工具由 Satija 实验室于 2015 年推出。主要应用于识别细胞亚型、构建细胞谱系树和揭示基因表达模式。其优点包括高度可定制的工作流程以及有效的细胞群聚算法等。Seurat 为解析单细胞层面的生物学问题提供了全面而灵活的解决方案。 3. Monocle Monocle 是一款用于单细胞 RNA-seq 数据分析的工具由 Trapnell 实验室于 2014 年推出。主要应用于发现细胞发育轨迹、识别基因表达动态变化。其优点包括强大的拟动态系统建模、细胞状态推断和可视化分析。Monocle 广泛用于研究细胞分化、发育和异质性为理解单细胞水平的生物学过程提供了深刻见解。 4. kallisto Kallisto 是一款快速、准确的 RNA-seq 数据定量工具由 Pachter 实验室于 2015 年推出。主要应用于基因表达定量其优点包括高效的算法、低计算成本和适用于大规模数据集。Kallisto 通过采用估计碎片相对丰度的方法不需对整个转录组进行比对加速了分析过程使其成为 RNA-seq 数据处理的理想选择特别适用于高通量测序项目。 5. salmon Salmon 是一款快速、准确的 RNA-seq 数据定量工具由 Kingsford 实验室于 2017 年推出。主要应用于基因表达估算其优点包括高效的碎片量化、低计算成本和适用于大规模测序数据。Salmon 采用概率模型避免了传统比对方法的计算瓶颈特别适用于高通量测序数据。 6. Scanpy Scanpy 是一款用于单细胞转录组数据分析的 Python 工具推出于 2017 年主要应用于细胞聚类、差异表达和细胞发育轨迹分析。其优点包括强大的可扩展性、灵活的数据处理流程和丰富的可视化功能。Scanpy 为研究人员提供了高效而全面的工具帮助他们深入了解单细胞水平的生物学特征促进了单细胞转录组研究领域的发展。 7. CellRanger CellRanger 是由 10x Genomics 开发的单细胞数据分析工具于 2015 年首次发布。主要应用于单细胞 RNA-seq 数据处理涵盖细胞特异性表达、群聚分析和基因表达定量。其优点包括高度自动化、用户友好的界面以及强大的分析工具。CellRanger 通过整合硬件和软件为研究人员提供了一体化解决方案大大简化了单细胞转录组研究的复杂性促进了对细胞异质性和功能的深入理解。 8. inferCNV inferCNV 是一款用于从单细胞 RNA-seq 数据中推断细胞染色体拷贝数变异的工具由Broad Institute 开发首次推出于2017年。其优点包括高效的计算方法、精准的拷贝数变异估算以及适应于复杂细胞异质性的强大性能。inferCNV 为研究人员提供了深入挖掘单细胞层面基因组变异的工具有助于解析肿瘤异质性、发育过程和其他与拷贝数变异相关的生物学问题。 9. SCENIC SCENICSingle-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering是一个用于推断单细胞基因调控网络的工具由 Netherlands Cancer Institute 开发。推出于 2017 年主要应用于识别单细胞水平的转录因子网络。其优点包括高度可定制的工作流程、对细胞异质性的有效处理以及丰富的可视化功能。SCENIC 为研究人员提供了深入了解单细胞基因调控网络的工具有助于揭示细胞类型和状态之间的分子调控机制。 10. Harmony Harmony 是一款用于整合和纠正批次效应的单细胞 RNA-seq 数据分析工具由 Dana-Farber 癌症研究所于 2018 年推出。主要应用于细胞聚类和亚型发现。其优点包括有效去除批次效应、提高数据集集成性以及适用于大规模单细胞 RNA-seq 研究。Harmony 通过综合考虑细胞相似性和批次信息为研究人员提供了一个强大的工具帮助消除实验批次引入的噪音确保准确而一致的单细胞分析结果。 可以看到STAR 和 Seurat 两款软件的引用量遥遥领先分别达到了恐怖的 3万和 2.8万。 STAR 的引用量最高可能是因为它不仅用于处理单细胞测序数据它还是用于 Bulk RNA-seq 数据比对的流行工具。而 Seurat不愧为单细胞转录组数据处理事实上的标准其优异的表现得到了广泛认可。不过其最大的缺点是运算速度如果项目的细胞数过多运算可能会很慢。不过这主要是R语言本身的锅。 值得一提的是Python 爱好者喜欢的 Scanpy 仅排名第6这可能是因为其推出时间较晚2017比 Seurat 晚2年。不过现在由于项目的细胞数量越来越多Python 单细胞数据分析生态越来越完善Scanpy 的用户也正在快速增长。 最后以上工具大都集成到了 Galaxy生信云平台UseGalaxy.CN不管是 Bulk RNA 还是 Single RNA都可以在云平台通过鼠标点击就可以分析。 关于简说基因 生信平台Galaxy中国UseGalaxy.cn致力于打造中国人的云上生物信息基础设施。大量在线工具免费使用。无需安装用完即走。活跃的用户社区随时交流使用心得。生信培训简说基因的生信培训班荣获学员的一致好评。如果你也对生物信息学感兴趣欢迎来跟简说基因学真生信。生信分析我们能够承接所有 NGS 组学数据分析业务包括但不限于 WGS / WES / RNA-seq 等。基因组组装、注释以及各种重测序业务都可以与简说基因合作。
