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一个原子被“capped”是因为它的化合价约束#xff08;valency constraint#xff09;…
Node selection:
1选择规则
“focus atom”是从生成的原子中选出的如果一个原子没有“capped”那么它就可以被选为“focus atom”。
一个原子被“capped”是因为它的化合价约束valency constraint已经达到或者它被模型主动标记为“capped”。
如果当前“focus atom”有一个子原子其价电子尚未完整则模型将选择该原子作为下一个“focus atom”。如果存在多个这样的子节点则执行排序rank并选择排名最高的子节点;如果当前“focus atom”不存在这样的子原子则执行“回溯backtracking”操作以查找具有这样的子焦点的祖先。然后选择那个孩子作为下一个焦点。如果再也没有合适的atom所有的atom的化合价是完整的成为“focused atom”那么整个过程结束。
图示 2需要模型预测的部分
在 “connect” operation, 模型需要选择和哪个atom进行连接用什么样的bond本文预测了bond其实不需要预测bond因为bond可以从两个原子推断出来
在 “append” operation, 模型需要知道应该添加多少原子到graph以及这些atom的类型3D坐标连接到 focused atom 的bond类型
当 focused atom 有多个子atom供选择的时候模型需要输出这些atom的rank Tree expansion:
“connect”将“focus atom”与其他的atom进行连接
“append”在“focus atom”上添加新的atom 【CS 2021】 DeepLigBuilder Structure-based de novo drug design using 3D deep generative models-SI
