网站响应式首页模板,在线游戏网页版,做一个网站要多长时间,迁移wordpress前言“工欲善其事必先利其器”#xff0c;生信工程师每天写代码、搭流程#xff0c;而且要使用至少三门编程语言#xff0c;没有个好集成开发环境(IDE#xff0c;Integrated Development Environment)那怎么行#xff1f;本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad, su… 前言“工欲善其事必先利其器”生信工程师每天写代码、搭流程而且要使用至少三门编程语言没有个好集成开发环境(IDEIntegrated Development Environment)那怎么行本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是editplus用着比较舒服适合我的个人习惯。Editplus 下载和安装最好官网下载最新版4.3喜欢的话正版才30$,关键是不注册也不影响使用。https://www.editplus.com/download.html有32/64位版建议安装64位版epp430_64bit.exe还有中文版(不建议全是老版本)英语拼写检查(安装了没看到效果)先安装完成后打开会出现配置设置、语法文件位置选择如下图建议修改到自己的目录方便管理和备份如改为C:\Users\woodc\Desktop\home\soft\editplus如果不想看到试用字样百度可以找到很多注册机/注册码很容易激活。添加Perl语言模板该程序对Perl语法默认支持已经非常好了只是缺少个生信专用模板参考我的上篇文章生信人写程序1. Perl语言模板及配置右键另存下载perl模板文件直接单击可能会报错因为Perl的pl文件是也属于网页的一种会被运行而内容又不是网页所以报错。主要操作如下将《Perl语言模板》原文中代码复制到editplus中新建的空白文件点保存第一种情况:如果刚才设置了新的模板目录请选择你自己设置的目录替换template.pl。第二种情况:没有更改配件文件目录默认的保存位置可替换template.pl即可。如果下次使用新建Perl不能自动加载模板可以尝试将模板代码保存为template.pl在任何位置选择Tools - Preference - template — Perl更改template.pl文件位置为刚才保存的模板template.pl文件即可。以后点新建- perl会自己加载我们配置的模板开使写新程序其实我们更多是找写过相近的程序再修改这个过程是逐渐积累的领域和用途不同自己的常用功能也是很个性化的。添加Shell语言支持https://www.editplus.com/others.html选择* Shell stx - 肖俊斌 (2011-06-21)下载解压后有shell.stx语法文件放在之前设置的目录也可直接右键点我下载shell语法再选择Tools — Preference — Setting syntax, Add - 输入 “Shell” — OK, 文件扩展添”sh”语法文件选择下载的shell.stx点OKShell写作模板主要包括命令行参数解析、默认参数设置、程序功能描述及帮助文档等右键另存下载Shell模板文件#!/bin/bash
set -e# 设置程序参数的缺省值少用参数即可运行
# Default parameter
inputinput.txt
outputoutput.txt
databasedatabase.txt
executeTRUE# 程序功能描述每次必改程序名、版本、时间等版本更新要记录清楚一般可用-h/-?来显示这部分
# Function for script description and usage
usage()
{
cat 2
Usage:
-------------------------------------------------------------------------------
Filename: template.sh
Revision: 1.0
Date: 2017/6/24
Author: Yong-Xin Liu
Email: yxliugenetics.ac.cn
Website: http://bailab.genetics.ac.cn/
Description: This script is solve parameter read and default
Notes: Function of this script
-------------------------------------------------------------------------------
Copyright: 2017 (c) Yong-Xin Liu
License: GPL
This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version.
This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details.
If any changes are made to this script, please mail me a copy of the changes
-------------------------------------------------------------------------------
Version 1.0 2017/6/24# 输入输出文件格式和示例非常有用不知道格式怎么准备文件呀
# Input files: input.txt, can inclue many file# 1. input.txt, design of expriment
SampleID BarcodeSequence group
WT.1 TAGCTT WT
WT.2 GGCTAC WT
WT.3 CGCGCG WT# 2. database.txt, annotation of gene
ID description
AT3G48300 Transcript factor# Output file
1. Annotated samples DE genes
Samples ID description
Wt AT3G48300 Transcript factor2. Volcano plot: vol_otu_SampleAvsSampleB.pdf# 参数描述写清功能的缺省值
OPTIONS:-d database file, default database.txt-i input file, recommend must give-o output file or output directory, default output.txt-h/? show help of script
Example:template.sh -i input.txt -d database.txt -o result.txt
EOF
}# 解释命令行参数是不是很面熟其实是调用了perl语言的getopts包
# Analysis parameter
while getopts d:h:i:o: OPTION
docase $OPTION ind)database$OPTARG;;h)usageexit 1;;i)input$OPTARG;;o)output$OPTARG;;?)usageexit 1;;esac
done# for 循环批量调用程序如批量绘制热图# 有多种批量输入文件的方式以下N种任选其一其它用#注释掉for i in a.txt b.txt n.txt; do # 文件不多手动放在in后用空格分开for i in seq 1 9; do # 文字名为数字顺序用seq命令生成连续数据引用命令需反引for i in ls data/*.txt; do # 匹配某类文件作为输入for i in cat list.txt; do # 使用文本原为输入列表for i in cat list.txt|cut -f 1; do # 指定某列作为输入文件名 plot_heatmap.sh -i data/${i} -o heatmap/${i}.pdfdone将以上代码保存为template.sh点击Tools — Preference — Template — Add 命名为Shell选择template.sh文件OK。以后点New file, 选择shell即自动加载模板想要写好程序多读多写代码才会有提高只看不操作效果最差。猜你喜欢10000菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑系列教程微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组专业技能学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人一文读懂宏基因组 寄生虫益处 进化树必备技能提问 搜索 Endnote文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical扩增子分析图表解读 分析流程 统计绘图16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun在线工具16S预测培养基 生信绘图科研经验云笔记 云协作 公众号编程模板: Shell R Perl生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘 写在后面为鼓励读者交流、快速解决科研困难我们建立了“宏基因组”专业讨论群目前己有国内外3000 一线科研人员加入。参与讨论获得专业解答欢迎分享此文至朋友圈并扫码加主编好友带你入群务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路仍末解决群内讨论问题不私聊帮助同行。学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战关注“宏基因组”
