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脓毒症患者和健康对照…
今天给同学们分享一篇生信文章“Genome-wide identification and functional analysis of dysregulated alternative splicing profiles in sepsis”这篇文章发表在J Inflamm (Lond)期刊上影响因子为5.1。 结果解读
脓毒症患者和健康对照中脓毒症相关AS的鉴定图1 不同组细胞凋亡相关基因动态AS事件的检测
接下来作者将AS的分析结果与RNA-seq表达的结果相结合。作者观察到IFI27和SHISA5都是凋亡相关基因受5pMXE AS模式控制与健康组和感染组相比在脓毒症中表现出显著的差异表达水平图2A。此外感染性休克中外显子保留事件的频率高于脓毒症因此表明外显子保持事件与脓毒症的严重程度密切相关。重要的是在脓毒症患者中当比较健康组和感染组时IFI27和SHISA5的AS比率显著不同。总之这些结果表明细胞凋亡相关基因被全局激活并显示出不同的AS模式这可能是脓毒症的潜在靶点。 脓毒症患者和健康供体中差异表达的RNA结合蛋白DE-RBP
DEG的分析揭示了不同组中与RNA结合蛋白相关的统计学意义。健康对照组和患者根据PCA中的基因表达率进行了明确的区分。然而轻度感染、脓毒症和脓毒症休克组不能明确区分图第3A段。RBPs的数量与感染的严重程度有关差异表达的RNA结合蛋白的比例在脓毒症休克中最高这明显高于所有其他组图第3B段。每组中RBP的差异表达模式如图3C中的热图所示包括疾病组和健康组之间显示显著差异的RBP感染性休克组和脓毒症组之间没有统计学上的显著差异。 脓毒症患者和健康供体中AS事件与RBP基因的协调
AS事件和RBP基因之间的显著相互作用在与细胞凋亡相关的GO生物学过程术语中特别富集图4A。与对照组中观察到的表达相比脓毒症组中存在的DDX24、CBFA2T2、NOP、ILF3、DNMT1、FTO、PPRC1和NOLC1的表达水平显著降低图第4B段。为了验证在GSE154918 RNA-seq数据中观察到的脓毒症相关RBP基因的表达变化来自共表达网络的八个RBP和两个高度共表达的AS相关基因使用从脓毒症患者和正常对照获得的血液样本进行了qRT-PCR验证。 总结
在本研究中作者描述了AS的特征并描述了与AS相关的基因在脓毒症中的功能。此外我们确定了RBPs在脓毒症进展中的重要作用。此外RASG的功能途径与细胞凋亡途径、催化活性的调节和细胞凋亡的正调控有关。还生成了RBP-RAS-RASG网络的功能路径图代表了一种新的基于RBP的转录后网络该网络将脓毒症的进展和脓毒症微环境中的免疫调节联系起来。特别是这些转录物编码分泌因子这些分泌因子不仅限制脓毒症的转移而且重塑脓毒症免疫微环境以抑制免疫功能。剪接因子的改变包括转录改变以及它们在脓毒症发展中的功能影响已经被广泛研究。
