深圳网站建设便宜信科网络,本地企业网站建设模板,disqus wordpress,系统开发的主要方法有生命周期法BAM文件时存储比对数据的常用格式#xff0c;可用于短reads和长reads数据。BAM是二进制压缩格式#xff0c;SAM文件为其纯文本格式#xff0c;CRAM为BAM的高压缩格式#xff0c;IO效率相比于BAM略差#xff0c;但是占用存储空间更小。
1. BAM文件的比对信息
BAM的核心信…BAM文件时存储比对数据的常用格式可用于短reads和长reads数据。BAM是二进制压缩格式SAM文件为其纯文本格式CRAM为BAM的高压缩格式IO效率相比于BAM略差但是占用存储空间更小。
1. BAM文件的比对信息
BAM的核心信息-record也叫alignment section比对信息 记录序列比对内容每一行都是一条read比对信息各部分内容如下图所示
比对信息各部分内容含义
2. 比对信息关键内容 FLAG和CIGAR
2.1 FLAG
FLAG记录了read的比对情况FLAG信息使用数字来表示比对结果比如77,163等其中77 1 4 8 64 163 1 2 32 128 其中相加使用的数据含义如下表所示
比如163数据可以理解为
PE测序reads 正常比对上参考序列 另一条配对reads反向互补后比对到参考序列 该序列是read2
2.2 CIGAR
CIGAR全称Compact Idiosyncratic Gapped Alignment Report 称为“雪茄”字符串。CIAGR相比对FLAG更容易理解使用数字字母组合表示reads的比对情况比如一条150bp长的read比对到基因组之后假如CIGAR字符串内容为33S117M其意思是说在比对的时候这条read开头的33bp在被跳过了S紧接其后的117bp则比对上了参考序列M 其中S代表软跳过Soft clipM代表匹配Match。
CIGAR标记字符共有10个 “MIDNSHPXB”具体分别代表read比对时的情况如下图所示
特别注意M标记字符其并非100%全部匹配单碱基的错配也会标记为M。
3. samtools view查看指定BAM文件指定区域
对于BAM文件的查看可使用samtools。
# 生成索引文件
samtools index sample.sorted.bam# 跳转到chr22染色体
samtools view sample.sorted.bam chr22 # 跳转到chr22:16050000位置
samtools view sample.sorted.bam chr22:16050000# 跳转到chr22:16050000-16060000位置
samtools view sample.sorted.bam chr22:16050000-160600004. samtools view提取BAM文件指定染色体区域
对于bam文件过大可以提取指定区域并生成小的bam文件导出后再IGV进行查看。
# 提起chr22区域并输出为bam格式
# —h 表示包含header信息
samtools view -h sample.sorted.bam chr22:16050000-16060000|\
samtools view -Sb - chr22.region.bam# 查看bam
samtools view chr22.region.bam|less -S生信分析进阶文章推荐
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