广西建设教育网站,如何做网站的搜索栏,做茶道网站,美发培训网站读 .nii / .nii.gz 图像并转成 numpy 可用 medpy.io、nibabel、itk、SimpleITK 几种方法#xff0c;然而几种方法读出来的轴序有出入#xff0c;本篇比较此几种方法。
Datum
所用数据来自 verse#xff0c;经 iTomxy/data/verse/preprocess.py 预处理#xff0c;朝向和轴…读 .nii / .nii.gz 图像并转成 numpy 可用 medpy.io、nibabel、itk、SimpleITK 几种方法然而几种方法读出来的轴序有出入本篇比较此几种方法。
Datum
所用数据来自 verse经 iTomxy/data/verse/preprocess.py 预处理朝向和轴序是 RAI。三视图可视化show_nii 其中最短的是 LR 35次短 AP 118最长 SI 214所以如果维持 RAI 轴序读出来的形状应是 [35, 118, 214]给下面代码结果作参考。
Test
import os
import numpy as np
import itk
import SimpleITK as sitk
import nibabel as nib
import medpy.io as medio# 所选的一个 verse 数据
f os.path.expanduser(~/data/verse/processed-verse19/test/sub-verse012_image.nii.gz)lab_medio, _ medio.load(f)
print(medpy:, lab_medio.shape)lab_nib nib.load(f)
print(nibabel:, lab_nib.shape)lab_itk itk.imread(f)
print(itk:, lab_itk.shape)
lab_itk_np itk.GetArrayViewFromImage(lab_itk)
print(itk - numpy:, lab_itk_np.shape)lab_sitk sitk.ReadImage(f)
print(sitk:, lab_sitk.GetSize())
lab_sitk_np sitk.GetArrayFromImage(lab_sitk)
print(sitk - numpy:, lab_sitk_np.shape)输出
medpy: (35, 118, 214)
nibabel: (35, 118, 214)
itk: (214, 118, 35)
itk - numpy: (214, 118, 35)
sitk: (35, 118, 214)
sitk - numpy: (214, 118, 35)结论
medpy.io、nibabel 读不改轴序itk 读会逆转轴序本例即 RAI 变 IARsitk 读不会但在转 numpy 时逆了参考 [1,2]。
References
Order of images returned by GetArrayFromImage - where is this this documented? #1088Conversion between numpy and SimpleITK
