主流网站 技术,外包公司拖欠工资找谁讨要,网站推广计划表,开封网站优化SRA数据的的处理流程大概如下 一、SRA数据下载、 NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式。 下载以后就是以SRA为后缀名。 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。 1.通过http方式#xff0c;2.通过ftp方式#xff0c;3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载。 参阅2.通过ftp方式3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载。 参阅http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/ 二、SRA格式转换成FASTQ格式 ./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/data/GEO/SRA/SRR058977.sra fastq-dump可以在ncbi官方网站下载这里面包含一系列的转换工具 参阅http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK56560/ http://eutils.ncbi.nih.gov/Traces/sra/?viewsoftware 转换成FASTQSFFlllumina nativeAB SOLiD native等格式 另转换FASTQ以后要转换成FASTA 命令如下 awk {if(FNR%41) print ,$0; else if(FNR%42) print $0;} a.fastq a.fasta ————————---------------------------------------------------------------- 以上部分为预处理部分 当然我做的方向是比对方向就可以用fasta做比对工作了。 ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 后面还可以做其他反面的研究 3.去接头此步要注意是否有接头一般RNA-SEQ数据应该是没有接头的 4.用tophat寻找可变剪切 tophat -r 42 -G genome.fa -o PF genomeIndex SRR058977.fastq5.用cufflinks找不同组织中的差异 cuffdiff genomeAnnotation.gff ../BF/accept.bam ./accept.bam 来源http://blog.sciencenet.cn/blog-565558-626137.html ………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 可能会用到的修改目录权限的linux命令 Linux改变分区权限简单好用版 原理 1.在Linux和Unix世界里一切都是以文件的形式存在的。文件夹是文件文件是文件设备也是文件。2.分区在挂载后会在 /media/ 下以文件夹的形式显现3.chmod用于修改权限 而chmod ugorwx 用于给所有的用户和用户组添加所有的权限步骤1.假设需要修改权限的分区名为x2.挂载x3.赋权代码:sudo chmod ugorwx /media/x 转载于:https://www.cnblogs.com/suncoolcat/p/3283656.html
