做网站怎么设置背景,有好看图片的软件网站模板下载,建设h网站风险大吗,用ps切片做网站在使用NCBI 工具fastq-dump拆分SRA文件时#xff0c;拆分速度慢#xff0c;
fastq-dump拆分参数说明#xff1a;
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fastq-dump拆分参数说明
–split-spot: 将双端测序分为两份存放在同一个文件中–split-files: 将双端测序分为两份存放在不同的文件但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃–split-3 : 将双端测序分为两份存放在不同的文件但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里
pfastq-dump介绍
一个SRA格式的转录组数据大概在3G左右使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件但如果使用BWA比对则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持多线程拆分相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。
1. github下载
git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcd pfastq-dump/chmod ax pfastq-dump/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -h2. 单端数据拆分
对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。
# SRA数据下载提前安装好prefetch
nohup prefetch SRR3498212 /pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t 8 -O ./ ./SRR3498212.sra
# 结果文件SRR3498212.fastq3. 双端数据拆分
# 输出.gz fastq压缩文件
/pfastq-dump/bin/pfastq-dump \
--threads 8 --outdir ./ ./SRR349XXXX.sra \
--split-3 --gzip生信软件文章推荐
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