鞍山市城市建设网站,wordpress打包主题,wordpress文章页版权,麻涌手机网站设计FAPROTAX功能预测、PICRUSt功能预测、Tax4Fun功能预测、BugBase表型预测、FUNGuild功能预测 FAPROTAX功能预测 FAPROTAX是一个人工构建的数据库#xff0c;以人工培养的代表文献为基础#xff0c;将原核生物分类群(如属或种)映射到代谢或其他生态相关功能(如硝化、反硝化)。例…FAPROTAX功能预测、PICRUSt功能预测、Tax4Fun功能预测、BugBase表型预测、FUNGuild功能预测 FAPROTAX功能预测 FAPROTAX是一个人工构建的数据库以人工培养的代表文献为基础将原核生物分类群(如属或种)映射到代谢或其他生态相关功能(如硝化、反硝化)。例如如果一个细菌属内的所有培养物种(或更准确地说物种的所有类型菌株)都被确定为反硝化菌FAPROTAX假设该属内的所有未培养微生物也都是反硝化菌。FAPROTAX的功能集中在海洋和湖泊生物地球化学特别是硫、氮、氢和碳循环其他功能(例如植物致病性)也包括在内。FAPROTAX涵盖的功能组的完整列表以及使用的所有文献都可以在数据库中找到。目前收集自4600多个原核微生物的80多个功能分组7600多条功能注释信息并且还在不断更新。通过python脚本把样本的OTU表转换成以下六个表分别是样本的功能表、过程报告、每个功能分组的OTUs、每个功能分组重叠的表、分析过程用到的注释信息、输入样本OTU表的子表仅列出与特定功能相关的OTU。
PICRUSt功能预测 PICRUSt是针对16S扩增子测序结果进行功能预测的一款软件包。首先通过PICRUStPICRUSt流程存储了greengene id对应的COG信息和KO信息对OTU丰度表进行标准化即去除16S marker gene在物种基因组中的copy数目的影响然后通过每个OTU 对应的greengene id获得OTU对应的COG家族信息和KEGG Ortholog (KO)信息并计算各COG的丰度和KO丰度。根据COG数据库的信息可以从eggNOG数据库中解析到各个COG的描述信息以及其功能信息从而得到功能丰度谱根据KEGG数据库的信息可以获得KO、Pathway、EC信息并能根据OTU丰度计算各功能类别的丰度。此外针对Pathway运用PICRUSt可获得代谢通路的3个水平信息并分别得到各个水平的丰度表。 EggNOG(evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groupshttp://eggnog.embl.de/)数据库: 是国际上普遍认可的同源聚类基因群的专业注释数据库包括来自原始COG/KOG的功能分类以及基于分类学的功能注释。目前该数据库V5.0包含19万个直系同源类群覆盖了2031个生物体、352个病毒。 KEGG数据库Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes京都基因和基因组百科全书http://www.genome.jp/kegg/是系统分析基因功能联系基因组信息和功能信息的大型知识库。KEGG GENES数据库提供关于在基因组计划中发现的基因和蛋白质的序列信息KEGG PATHWAY数据库包括各种代谢通路、合成通路、膜转运、信号传递、细胞周期以及疾病相关通路等。此外还收集了各种化学分子、酶及以及酶促反应等相关信息。KEGG Module 数据库是KEGG收集的一系列的功能单元用于基因组注释和生物学解释。KEGG Orthology (KO)系统通过把分子网络的相关信息连接到基因组中提供了跨物种注释流程。
Tax4Fun功能预测 Tax4Fun是一款针对对16S rNA数据对进行功能预测的软件包。在Tax4Fun中通过将基于Silva数据库的16S分类谱系转化为KEGG数据库中原核生物的分类谱系对16S RNA基因序列进行功能注释。 首先将基于Silva数据库的16S分类谱系转化为KEGG数据库中原核生物的分类谱系然后使用16S拷贝数对相应的KEGG数据库中原核生物的丰度进行标准化最后利用均一化丰度数据并结合KEGG数据库中原核生物与Silva数据库中16S分类谱系的对应关系对原核生物微生物群落的KEGG功能预测。根据KEGG数据库的信息可以获得KO、Pathway、EC信息并能根据OTU丰度计算各功能类别的丰度。
BugBase表型预测 BugBasehttps://bugbase.cs.umn.edu/index.html是一种微生物组分析工具可以确定微生物组样本中存在的高水平表型能够进行表型预测。BugBase首先通过预测的16S拷贝数对OTU进行归一化然后使用提供的预先计算的文件预测微生物表型。其中表型类型包括革兰氏阳性Gram Positive、革兰氏阴性Gram Negative、生物膜形成Biofilm Forming、致病性Pathogenic、移动元件Mobile Element Containing、氧需求Oxygen Utilizing包括Aerobic、Anaerobic、facultatively anaerobic及氧化胁迫耐受Oxidative Stress Tolerant七大类。
FUNGuild功能预测 FUNGuild Fungi Functional Guild是一款通过微生态guild对真菌群落进行分类分析的工具guild是微生态学中的概念其涉及到一类物种不管亲缘关系相近与否这些物种能通过相似的途径利用同类环境资源。 FUNGuild基于目前已发表的文献或权威网站数据首先根据营养方式将真菌分为三大类病理营养型pathotroph-通过损害宿主细胞而获取营养包括吞噬型真菌phagotrophs 共生营养型symbiotroph-通过与宿主细胞交换资源来获取营养腐生营养型saprotroph-通过降解死亡的宿主细胞来获取营养。 基于3大营养方式又进一步细分为若干个guilds动物病原菌animal pathogens、丛枝菌根真菌arbuscular mycorrhizal fungi、外生菌根真菌ectomycorrhizal fungi、杜鹃花类菌根真菌ericoid mycorrhizal fungi、叶内生真菌foliar endophytes、地衣寄生真菌lichenicolous fungi、地衣共生真菌lichenized fungi、菌寄生真菌mycoparasites、植物病原菌plantpathogens、未定义根内生真菌undefined root endophytes、未定义腐生真菌undefined saprotrophs和木质腐生真菌wood saprotrophs同时还包括三类形态特殊的真菌yeast、facultativeyeast 和 thallus。通过生物信息学方法将真菌物种分类与功能guild分类联系起来就可以对真菌进行功能分类。
