如何做二级网站,网页制作个人主页模板,国际机票搜索量大涨,网络系统管理技能大赛考什么SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址#xff1a;http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算#xff…SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写。像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件。samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件。具体地址http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思。根据文档介绍我们可以计算但是为了方便大家下面给大家提供一个脚本工具大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了。该脚本的使用方法如下截图所示脚本工具的使用方法将下面的代码保存在记事本里面另存为一个html文件如文件名FlagExplain.html(拓展名一定要为.html)。双击既可以在浏览器里面打开了。Explain SAM FlagslstFlags [[read paired, 0x1],[read mapped in proper pair, 0x2],[read unmapped, 0x4],[mate unmapped, 0x8],[read reverse strand, 0x10],[mate reverse strand, 0x20],[first in pair, 0x40],[second in pair, 0x80],[not primary alignment, 0x100],[read fails platform/vendor quality checks, 0x200],[read is PCR or optical duplicate, 0x400]];function explainFlags() {var flagValue parseInt(document.getElementById(tb).value); //returns 0 or NaN if cant parsevar summary ;for(var i 0; i lstFlags.length; i) {var checkbox document.getElementById(cb i)if(lstFlags[i][1] flagValue) {summary lstFlags[i][0] ;checkbox.checked true;} else {checkbox.checked false;}}document.getElementById(summary).innerHTML summary;}function checkboxClicked() {//compute the new flag valuevar newFlagValue 0;for(var i 0; i lstFlags.length; i) {var checkBox document.getElementById(cb i);if(checkBox.checked) {newFlagValue | lstFlags[i][1];}}var textbox document.getElementById(tb);textbox.value newFlagValue;explainFlags();}This page requires JavaScript. Please enable it in your browser settings.This utility explains SAM flags in plain English. Flag: Explanation:for(var i 0; i lstFlags.length; i) {document.write( lstFlags[i][0] );} read paired read mapped in proper pair read unmapped mate unmapped read reverse strand mate reverse strand first in pair second in pair not primary alignment read fails platform/vendor quality checks read is PCR or optical duplicateSummary:
