广州设计网站,cnzz网站建设,做脚本从网站引流,关于我们网站模板判断AKI我们可以通过肌酐和尿量两个指标来看#xff0c; 今天我们主要提取肌酐。
kidgo指南的表格
AKI诊断标准#xff1a;符合以下情况之一者即可被诊断为AKI#xff1a;①48小时内Scr升高超过26.5μmol/L(0.3mg/dl)#xff1b;②Scr升高超过基线1.5倍——确认或推测为7… 判断AKI我们可以通过肌酐和尿量两个指标来看 今天我们主要提取肌酐。
kidgo指南的表格
AKI诊断标准符合以下情况之一者即可被诊断为AKI①48小时内Scr升高超过26.5μmol/L(0.3mg/dl)②Scr升高超过基线1.5倍——确认或推测为7天内发生③尿量0.5ml/(kg·h)且持续6小时以上。
AKI分期标准分期Scr尿量1期升高为基线的1.5~1.9倍或升高超过26.5μmol/L(0.3mg/dl)0.5ml/(kg·h) 持续6~12h2期升高为基线的2.0~2.9倍0.5ml/(kg·h) ≥12h3期升高为基线的3倍或绝对值≥353.6μmol/L(4.0mg/dl)或开始使用肾脏替代治疗或患者18岁且eGFR35ml/(min·1.73m2)0.3ml/(kg·h) ≥24h或无尿≥12h
结果解读根据AKI分期的推荐处理如下相关解释1.单用尿量改变作为诊断标准时需要除外尿路梗阻及其他导致尿量减少的原因。2.指南推荐血清肌酐和尿量仍然作为AKI最好的标志物ⅠB。参考来源1. KDIGO Clinical Practice Guideline for Acute Kidney Injury. 2012.3. http://www.kidney-international.org2. 图片作者大连医科大学附属第一医院 重症医学科 李青栋 AKI是MIMIC相关研究的常用指标MIMIC数据库里面AKI诊断按照KIDGO指南内容太多今天这个只包括肌酐水平评估 MIMIC数据库里面的基线值并不是一个固定的值而是动态的值。 主要涉及ICU住院记录icustays和实验室检查labevents两张表。 labevents表里CHARTTIME表示测量时间VALUENUM表示测量值。 icustays表里面intime和outtime分别表示出入ICU时间。 两张表格根据subject_id这个患者唯一标识进行连接。 一、kdigo_creatinine.sql 提取入ICU前7天所有肌酐值 -- Extract all creatinine values from labevents around patients ICU stay 从患者入住 ICU 期间的实验室事件中提取所有肌酐值
-- 提取入ICU前7天所有肌酐值
WITH cr AS (SELECTie.hadm_id, ie.stay_id, le.charttime-- 如果同一个时间点有两个检查就取平均值, AVG(le.valuenum) AS creat-- 主要涉及ICU住院记录icustays和实验室检查labevents两张表。FROM mimiciv_icu.icustays ieLEFT JOIN mimiciv_hosp.labevents le-- 使用subject_id连接表格ON ie.subject_id le.subject_id-- 使用ITEMID 50912提取肌酐AND le.itemid 50912AND le.valuenum IS NOT NULL-- 只包括150的肌酐值超过为异常值 AND le.valuenum 150-- 提取范围是入ICU时间前7天。AND le.charttime mimiciv_derived.DATETIME_SUB(ie.intime, INTERVAL 7 DAY)AND le.charttime ie.outtimeGROUP BY ie.hadm_id, ie.stay_id, le.charttime
)-- -- 每个肌酐检查值之前48小时的肌酐最小值
, cr48 AS (-- add in the lowest value in the previous 48 hours-- 添加过去 48 小时内的最低值SELECTcr.stay_id, cr.charttime, MIN(cr48.creat) AS creat_low_past_48hrFROM cr-- add in all creatinine values in the last 48 hours-- 添加过去 48 小时内的所有肌酐值LEFT JOIN cr cr48ON cr.stay_id cr48.stay_idAND cr48.charttime cr.charttimeAND cr48.charttime mimiciv_derived.DATETIME_SUB(cr.charttime, INTERVAL 48 HOUR)GROUP BY cr.stay_id, cr.charttime
)-- 每个肌酐检查值之前七天最小肌酐值
, cr7 AS (-- add in the lowest value in the previous 7 days-- 添加前 7 天内的最低值SELECTcr.stay_id, cr.charttime, MIN(cr7.creat) AS creat_low_past_7dayFROM cr-- add in all creatinine values in the last 7 days-- 添加过去 7 天内的所有肌酐值LEFT JOIN cr cr7ON cr.stay_id cr7.stay_idAND cr7.charttime cr.charttimeAND cr7.charttime mimiciv_derived.DATETIME_SUB(cr.charttime, INTERVAL 7 DAY)GROUP BY cr.stay_id, cr.charttime
)SELECTcr.hadm_id, cr.stay_id, cr.charttime, cr.creat, cr48.creat_low_past_48hr, cr7.creat_low_past_7day
FROM cr
LEFT JOIN cr48ON cr.stay_id cr48.stay_idAND cr.charttime cr48.charttime
LEFT JOIN cr7ON cr.stay_id cr7.stay_idAND cr.charttime cr7.charttime
; 二、kdigo_stages.sql 基线标准
如何理解上面说的这个基线值是动态的我们来看下kdigo标准的sql CREATE MATERIALIZED VIEW work.organfailure_kdigo_stage_cr_only ASSELECTcr.stay_id, cr.charttime, cr.creat_low_past_7day, cr.creat_low_past_48hr, cr.creat, CASE-- 3x baseline-- 7天内超过基线值3倍 WHEN cr.creat (cr.creat_low_past_7day * 3.0) THEN 3-- *OR* cr 4.0 with associated increase-- 肌酐超过4mg/dl同时基线值1.5倍-- 或者-- 肌酐超过4mg/dl同时在48小时内增长超过0.3mg/dl4-3.7WHEN cr.creat 4-- For patients reaching Stage 3 by SCr 4.0 mg/dl-- require that the patient first achieve ...-- an acute increase 0.3 within 48 hr-- *or* an increase of 1.5 times baselineAND (cr.creat_low_past_48hr 3.7 OR cr.creat (1.5 * cr.creat_low_past_7day))THEN 3-- TODO: initiation of RRT-- 超过基线值2倍WHEN cr.creat (cr.creat_low_past_7day * 2.0) THEN 2-- 48小时内Cr增长超过0.3mg/dlWHEN cr.creat (cr.creat_low_past_48hr 0.3) THEN 1-- 7天内超过基线值1.5倍WHEN cr.creat (cr.creat_low_past_7day * 1.5) THEN 1ELSE 0 END AS aki_stage_creatFROM mimiciv_derived.kdigo_creatinine cr 我们来从organfailure_kdigo_stage_cr_only里面选取一个病人来看。 stay_id:30013402 可以看出来这个病人住ICU前七天到出ICU期间一共做了12次下肌酐第3次肌酐前面两次肌酐分别为1.6和1.5都是48小时内所有48小时内基线和7天内基线都是他们中的最小值1.5增加超过0.3所以是AKI1级第7次肌酐检查时前48小时基线值和前7天基线值就不一样了增长超过基线两倍所以是AKI2级
我们看到在kdigo_stages.sql下还有提取尿量和CRRT的代码感兴趣同学看这篇和后续文章本章暂时不讲解
MIMIC-IV数据库如何提取器官衰竭AKI的尿量指标 三、必看官方代码里面存在的的问题
我们看图中红框内的代码 在 KDIGO AKI 标准第21页KDIGO-2012-AKI-Guideline 后台回复 “KDIGO AKI 2012” 下载中AKI 第 3 阶段的定义是满足以下两个条件 sCR 4.0 sCR 增量 0.3 48h内 or sCR 基线* 1.5
然而上述代码的逻辑是由固定数字3.7定义的。这是错误的定义所以应该改为 CREATE MATERIALIZED VIEW work.organfailure_kdigo_stage_cr_only_2 AS
SELECTcr.stay_id, cr.charttime, cr.creat_low_past_7day, cr.creat_low_past_48hr, cr.creat, CASE-- 3x baseline-- 7天内超过基线值3倍 WHEN cr.creat (cr.creat_low_past_7day * 3.0) THEN 3-- *OR* cr 4.0 with associated increase-- 肌酐超过4mg/dl同时基线值1.5倍-- 或者-- 肌酐超过4mg/dl同时在48小时内增长超过0.3mg/dl4-3.7WHEN cr.creat 4-- For patients reaching Stage 3 by SCr 4.0 mg/dl-- require that the patient first achieve ...-- an acute increase 0.3 within 48 hr-- *or* an increase of 1.5 times baseline-- 这行修改了代码AND (cr.creat (cr.creat_low_past_48hr0.3) OR cr.creat (1.5 *cr.creat_low_past_7day))THEN 3-- TODO: initiation of RRT-- 超过基线值2倍WHEN cr.creat (cr.creat_low_past_7day * 2.0) THEN 2-- 48小时内Cr增长超过0.3mg/dlWHEN cr.creat (cr.creat_low_past_48hr 0.3) THEN 1-- 7天内超过基线值1.5倍WHEN cr.creat (cr.creat_low_past_7day * 1.5) THEN 1ELSE 0 END AS aki_stage_creatFROM mimiciv_derived.kdigo_creatinine cr
查看筛选出来的数据是有很大差异的 该问题官方已经准备在下个版本修复 这是有道理的对于初始肌酐为 4.0 或更高的人来说这不会导致 AKI。我会尽快修复它可能值得进行前后比较。
