烟台微网站建设,济南 域名注册 网站建设,盐城网站制作网络推广,百度地图 wordpress近两年#xff0c;不做实验或者仅需要少量实验的生物信息学分析文章#xff0c;发表量越来越多。如果利用数据库检索#xff0c;高效的发出一篇文章。是科研工作者关注的话题#xff0c;今天我们就用一篇生信分析的文章作为切入点#xff0c;来谈谈生信分析文章的套路。1.…近两年不做实验或者仅需要少量实验的生物信息学分析文章发表量越来越多。如果利用数据库检索高效的发出一篇文章。是科研工作者关注的话题今天我们就用一篇生信分析的文章作为切入点来谈谈生信分析文章的套路。1. 生信分析文章范例解读最近在检索文献时发现了 10 月有一篇生信文章做的是关于三阴性乳腺癌中相关 ceRNA 差异表达谱的综合分析于 2018 年 10 月 11 日发表在《Cellular physiology and biochemistry》杂志上IF 5.5。由于小编就是做三阴性乳腺癌 non-coding RNA 的相关研究一直都有关注 ceRNA 的研究类似这篇文章的工作量投稿分数应为 3-5 分而此文竟然突破 5 分门槛。仔细阅读发现原来这篇文章与常规生信分析文章相比增加了 30 例样本的 q-PCR 验证按照小编做实验的效率大概也就两天工作量。所以接下来我们一起走进这篇文章感受他的总体思路看看是不是你与 5 分只差两天的距离三阴性乳腺癌TNBC是高度恶性乳腺癌的亚型预后不良。越来越多的证据表明长链非编码 RNAlncRNA在包括乳腺癌在内的多种癌症的发展和进展中发挥着重要的调节作用。此研究利用癌症基因组图谱TCGA的 RNA-Seq 数据比较了 111 个 TNBC 组织和 104 个非癌组织中 mRNAlncRNA 和 miRNA 的表达谱。之后进行 GO 和 KEGG 途径分析失调的 mRNA 的主要功能。并进行 Kaplan-Meier 存活分析以确定差异表达的 lncRNA / mRNA / miRNA 对总体存活的影响。随后本研究构建了一个竞争性内源 RNAceRNA网络其中包括66 个失调的 lncRNAs24 个 miRNA 和 55 个 mRNA 。并通过 qRT-PCR 分别在 30 对样品中在 ceRNA 网络中证实了四种失调的 lncRNA三种异常表达的 miRNA 和四种 mRNA 。得出以下结论根据存活分析109 个 lncRNA 和 124 个 mRNA 可作为 TNBC 患者的预后信号而功能分析显示ceRNA 网络中的 19 种 mRNA 在 17 种癌症相关途径中富集。2. 生信分析文章套路解析通过对范文的解读我们可以理出生信分析文章的大致思路通过数据库筛选加少量的实验验证得出结论。TCGA 数据库此文章所用的数据库 TCGA 是一个公开可用的数据库是数据挖掘和生物发现的丰富且有价值的在线资源迄今为止它包含超过 10,000 种患者样本涵盖 36 种癌症类型。本研究的目的就是在大样本中发现特异性 lncRNA 标记对 mRNAlncRNA 和 miRNA 表达谱进行了全面分析并在 TCGA 数据库中预测了大量 TNBC 患者中代表性 lncRNA 的可能生物学功能和临床结果。GO 和 KEGGGO 和 KEGG 分析是对差异基因进行注释。为什么要进行注释因为筛选的差异基因可能有很多那么到底哪个基因比较重要哪个基因更可能与疾病相关通过 GO 和 KEGG 分析我们通过了解该基因已有的信息把预测的尺度放得小一点那么预测的准确性相应得就会提高一些另外通过功能注释我们还可以了解到这个基因可能是在疾病发生过程中的哪个环节产生了作用。3. 总结生信分析对科研人员来说有一定难度但是一旦掌握了这项技能那无疑就是发文章最省时省力省钱的方式了小编非常建议那些经费或资源稍欠的研究生有时间可以学习一下生信分析。总结生信文章套路一句话总结下载别人已经完成的芯片数据分析筛选差异基因构建蛋白质互作网络最后利用 GO 和 KEGG 分析。信诺金达专业技术服务。加速您的科研进程qPCR检测、miRNAqPCR检测、细胞实验、文章润色等。文章摘自网络如构成侵权请版权方联系删除
