孝感房产网站建设,江门网站推广设计,做国内网站多少钱,二手书交易网站开发背景分析前言 目前为止#xff0c;除了WGCNA分析要求内存比较高以外#xff0c;windows下的R和Rstudio都能满足我的使用需求。 近来#xff0c;再分析师兄的RNA-seq数据#xff0c;两种处理5个时间点#xff0c;差异基因很少#xff0c;表型数据很多#xff0c;想着再做个WGCNA分… 前言 目前为止除了WGCNA分析要求内存比较高以外windows下的R和Rstudio都能满足我的使用需求。 近来再分析师兄的RNA-seq数据两种处理5个时间点差异基因很少表型数据很多想着再做个WGCNA分析。 1.R安装 目前最新版本为 R 3.5.3以此为例 需要Root权限 见R的官方网站 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/ http://cran.stat.ucla.edu/bin/linux/ubuntu/README.html #查看 ubuntu 系统信息
usersuper-server:~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 18.04.1 LTS
Release: 18.04
Codename: bionic
#获取 root 权限因为只有root可以修改sources.list文件
usersuper-server:~$ sudo -s
#查看源信息
rootsuper-server:$ cd /etc/apt/
rootsuper-server:~$ vim /etc/apt/sources.list
#在末尾添加相应版本的源信息
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ #我的系统是bionic
#or 选择自己喜欢的源
deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/rootsuper-server:/etc/apt# su user #更新源列表 usersuper-server:~/etc/apt$ sudo apt-get update … 由于没有公钥无法验证下列签名 NO_PUBKEY 51716619E084DAB9 … # 解决报错 usersuper-server:/etc/apt$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9 Executing: /tmp/apt-key-gpghome.sA6IGCcJzS/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9 gpg: 密钥 51716619E084DAB9公钥“Michael Rutter maruttergmail.com”已导入 gpg: 合计被处理的数量1 gpg: 已导入1 usersuper-server:/etc/apt$ sudo apt-get update 获取:1 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3,609 B] 获取:2 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [41.6 kB] 获取:3 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3,609 B] 命中:4 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease 获取:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [41.6 kB] 命中:6 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease 命中:7 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates InRelease 命中:8 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease 已下载 86.8 kB耗时 2秒 (46.7 kB/s) 正在读取软件包列表… 完成
#安装 r-basesudo默认最新版3.5.3 usersuper-server:~$ sudo apt-get install r-base # 查看R版本 usersuper-server:~$ R R version 3.5.3 (2019-03-11) – “Great Truth” Copyright © 2019 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
2.Rstudio安装待更新 师弟装的等我咨询一下实战结果~ usersuper-server:~$ sudo apt-get install gdebi-core
usersuper-server:~$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.463-amd64.deb
usersuper-server:~$ sudo gdebi rstudio-server-1.1.463-amd64.deb
usersuper-server:~$ ifconfig # 查看服务端ip地址还有其他检查的命令没有展示
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server verify-installation #检查是否安装正确
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server start #启动
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server status #查看状态
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server stop #停止
usersuper-server:~$ ifconfig |grep inet addr #查看服务器ip
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server start #修改配置文件后重启
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server active-sessions #列出活跃的sessions
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server suspend-session pid #暂停sessions
usersuper-server:~$ sudo rstudio-server suspend-all #暂停所有session注意 /var/log/rstydio-server/ #Rstudio日志目录 配置文件 /etc/rstudio/rserver.conf 使用本地浏览器打开 http://192.168.1.103:8787。账户密码为安装时的账户密码。 Rsudio.png 3.总结
也就是更新一下源因为ubuntu默认的源R的版本较低。 我也试过无权限下载R安装包单独安装也成功了但是重复操作依赖库的关系很复杂没有重现。 最近由于需要我也比较执拗于新版软件终于get最新版R和Rstudio啦 坚持就是胜利
4.参考来源
https://www.jianshu.com/p/d1b456e2375a https://www.jianshu.com/p/6129a9517313 /div/div
