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本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章#xff0c;这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。 获得本期教程数据及代码#xff0c;后台回复关键词#xff1a;20240405 绘图
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本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。 获得本期教程数据及代码后台回复关键词20240405 绘图
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setwd(Your Path)导入所需R包
library(tidyverse)
library(readxl)
library(ggsci)
library(viridis)
library(RColorBrewer)导入数据
df_data - read_excel(data_input.xlsx,sheet Sheet1)
df_data[1:10,1:3]df_data[1:10,1:3]
# A tibble: 10 × 3SampleID visit shannonchr chr dbl1 s.10833.35.STL.374294 1M 1.42 2 s.10833.35.STL.433697 12M 3.10 3 s.10833.35.STL.370901 0-4D 4.16 4 IgramRun3.104.2.STL.V07.12mo 12M 3.82 5 s104.STL.V02.1mo 1M 1.98 6 s104.STL.V01.1.4d 0-4D 0.8627 s.10833.46.STL.372741 0-4D 0.8278 s.10833.46.STL.435681 12M 3.01 9 s.10833.46.STL.375471 1M 2.57
10 IgramRun3.111.2.STL.V07.12mo 12M 2.26设置主题
theme_clean - function(){theme_bw() %replace% theme(panel.grid element_blank(),strip.background element_blank())
}绘图
绘制基础图形
p1 - ggplot(df_data,aes(xvisit, yshannon, colorvisit, fillvisit))geom_violin()添加散点
p2 - p1 geom_jitter(width 0.2, size 0.9)scale_color_viridis(end 0.8, discrete T)设置颜色
p3 - p2 scale_fill_viridis(end 0.8, discrete T, alpha 0.5)进一步参数修改
p3 scale_y_continuous(limits c(0,7))guides(colornone)theme_clean()##labs(x,yShannon diversity照葫芦画瓢-绘制箱线图
ggplot(df_data,aes(xvisit, yshannon, colorvisit, fillvisit))geom_boxplot()绘图全部代码
pdf(202405散点小提琴图.pdf,width 6, height 4)
ggplot(df_data,aes(xvisit, yshannon, colorvisit, fillvisit))geom_violin()##添加散点geom_jitter(width 0.2, size 0.9)scale_color_viridis(end 0.8, discrete T)##设置颜色scale_fill_viridis(end 0.8, discrete T, alpha 0.5)##设置Y轴坐标轴scale_y_continuous(limits c(0,7))guides(colornone)theme_clean()##labs(x,yShannon diversity)dev.off() 若我们的分享对你有用希望您可以点赞收藏转发这是对小杜最大的支持。
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